安徽省农业科学院农业工程研究所，是经安徽省编制委员会办公室（皖编办[2008]253号文）批复，在原子能农业应用研究所基础上更名、扩建而成。现有高级职称5人（其中正高级2人），博士1人，硕士11人。内设办公室、农业机械化与设施化研究室、农业水土工程研究室、园林工程研究室、农村能源研究室和农业工程规划设计咨询服务中心。
单位的主要任务是围绕现代农业和社会主义新农村建设的需要，研究农业生物、工程措施、环境变化的互作规律，进而创造农业生物的繁育、生长、转化和利用的有利条件，为农作物高产、优质、高效、抗逆及良好的生产、生态和人们生活环境提供工程和技术支撑。主要在农业生产工程、农村环境工程、农用新质能开发应用等方面进行研究，着重开展农业机械化、农机与农艺配套、农田水土保持、节水农业、循环农业、生态农业、农业设施工程、园林工程、人居环境工程、农用沼气研究与开发，农田规划设计、景观规划设计和社会主义新农村建设规划，农业工程项目咨询等，对重大关键性课题进行攻关，同时做好先进成熟技术的引进、集成和推广工作。
“九五”以来，主持国家、省科技攻关、重点等项目20余项，在新型抗旱吸水高分子材料、农业工程规划设计、农业环境工程建设、林木辐照诱变育种等方面研究和应用，取得了重要成果，其中 “超高吸水性树脂及其合成方法”、 “一种农用高吸水性树脂”等发明获得4项国家专利，主持的“安徽省农用大型γ辐照装置的建设与应用研究” 2003年获安徽省科技进步三等奖，参加的“农业科技管理信息系统的研制与开发应用”2002年获安徽省科技进步三等奖，“NK超高吸水性树脂”荣获第六届中国花卉博览会科技成果二等奖。彩叶及芳香植物诱变育种、农田水利、农业节水技术、农用沼气等研究取得初步成效。