农业水土工程研究室主要职能是开展农业水土高效利用工程、农田水利工程、节水农业新技术研究和应用等。
节水农业是充分合理利用各种可用水源，采取工程、农艺、管理等技术措施，使区域内有限水资源总体利用率最高及其效益最佳的农业。要将自然界的水转化为农作物产量，一般要经过以下4个环节：①对水资源进行合理开发，使其成为农业可用水源；②将水从水源输送至田间；③把引入田间的水，均匀地分配到指定的面积上储存到土壤中；④作物经根系吸收土壤水，通过作物体内生理、生化过程转化形成经济产量。
据此，本研究室十二五的具体发展方向如下：
（1）农用水资源的合理开发技术研究
对引水、蓄水技术进行研究。特别是江淮分水岭地区雨水蓄集作为重要研究内容之一；其次是从水污染治理与净化的角度着手研究，以增加洁净的可用水量。
（2）输配水节水工程技术的研究与开发
从水源引水输送到田间是通过修建输配水工程来实现的，主要研究渠道、管道、渠道防渗和低压管道输水技术措施。探索新的灌溉技术，力求做到因地制宜，扬长避短，择优组合，完善配套，在节水管理及硬件技术上争取有较大突破。
（3）田间节水灌溉工程技术研究
田间节水灌溉工程技术作为研究重点之一。对原有畦块规格进行改进，确定最佳入畦流量和畦长，根据畦块长度、土壤性质确定灌水定额、单宽流量及改水成数，从而制定科学的灌水技术方案，对水平畦田灌溉系统的设计方法、灌水设计参数及相应的田间工程布局模式进行研究；对间歇灌、膜上灌、波涌灌、隔沟灌等多种改进地面灌水技术的适用条件，灌水均匀度对作物产量的影响，以及各种改进地面灌水技术要素间的优化组合方式等尚无明确结论的技术进行研究。另外，农业节水与农机相结合，加大农机化节水新技术、新机具的研发和改进，如行走式节水灌溉、深耕深松、秸秆粉碎还田机、地膜覆盖、激光平地等机械，研发抗旱节水农机化技术，开展对激光控制土地精细平整技术的田间应用研究。
（4）农艺节水措施的研究
作物从农田土壤中获取水分到形成产量，是通过作物对土壤水的吸收、运输和蒸腾来完成的。水分生产率是集中反映作物对水分的利用效率的一项综合性指标，是农艺措施产生的节水效果。为此，我们对栽培、耕作、覆盖、施肥、选育品种、施用化学制剂以及节水灌溉制度等节水增产的技术措施进行研究，这也是本研究室的研究重点之一，此方向发挥我们原有农业专业方面的专业特长。研究不同节水灌溉条件下的水肥耦合及调配施肥技术，间套作模式、耕作措施的优化与改进技术，农田覆盖及配套灌水、施肥技术等。
①机械化保护性耕作：适宜的土壤耕作如深耕深松、耙压锄划，是建立以“土壤水库”为中心的大气降水、土壤水、地下水合理运用与调控的关键。土壤全方位深松、翼型深松和旋松等机械化深松技术对增加土壤水容量，促进根系对深层土壤水分的吸收利用，提高作物抗旱能力，推动农业节水工程建设具有积极意义。
②地膜和秸秆覆盖保墒技术：地膜覆盖能阻断土壤水分垂直蒸发，有效抑制无效蒸发，覆膜的抑蒸保墒效应能促进土壤—作物—大气连统体中水分有效循环，增加耕层土壤贮水量，改善土壤水热条件和利于矿质养分的吸收利用。秸秆覆盖能减少地表蒸发和降雨径流，提高土壤蓄水保墒能力和耕层供水量。
③水肥耦合技术：增施有机肥既能提高土壤肥力，又可提高土壤涵蓄水分和根系吸收水分的能力，达到以肥调水提高作物水分利用效率的目的。
④适水（雨）种植作物的合理布局：根据降雨时空分布特征，地表水和地下水资源，合理调整作物布局。如调整作物熟制使之与当地水资源条件相适应，选种需水与降水耦合性好的作物，以及调整播期使作物生育期耗水与降水耦合，以充分利用当地降水资源，提高作物对降水的有效利用。
⑤筛选、引进和选育具有节水、高产和高水分利用效率的作物品种。
（5）农田水利研究
土地平整、规划、渠系配套、高产田建设、中低产田改造。
（6）土地整治、平整。
农业工程所正处于学科调整初期，本研究室又是新成立的研究室，研究室全体成员在以所长施六林为首的所领导班子的支持关心和正确领导下，将会不畏艰辛、艰苦奋斗，发扬原子能所传承下来的优良的传统和精神，自觉的将重心放在工作上，全心全意、全力以赴，从零做起，从小做起，并积极寻找依托起步较早的相关强势单位，进行广泛交流合作，以强带弱，在合作中学习，在学习中成长，打牢基础，为以后的更好发展蓄集力量。